南沙在航運業方面與香港相比，并不具備絕對優勢。國家發改委副秘書長范恒山曾指出“南沙新區的競爭力在于錯位發展，只有錯位發展，才能充分發揮自身的比較優勢，實現與周邊區域的優勢互補和共同發展。”因此，建設航運與物流中心，依據自身優勢錯位發展為南沙新區未來發展方向，港口和口岸服務為建設重點。廣州是內地的華南門戶，香港是國際航運中心，兩者之間應通過合作發展實現共贏。
《廣州南沙新區發展規劃》中指出將南沙打造成“粵港澳全面合作示范區”，使南沙建設的實踐在泛珠三角合作中具有獨特的價值。日前，廣州市委書記任學鋒在南沙調研時也提出“要求南沙要集聚發展創新發展，建設國際航運中心。”
廣州南沙新區地理位置優越，發展空間廣闊、生態環境良好、基礎設施完善，具備在各個方面與港澳等地區全面合作的綜合優勢。南沙新區位于珠三角幾何中心，周邊建設、規劃的“五縱五橫”的路網便利地連通廣州市區、東莞、深圳等地。從南沙坐船到港澳只需要40分鐘，并且到珠海、中山這樣的珠三角制造業城市只需要半小時航程。于此同時，包括廣深港高鐵、南沙客運港等一批重點項目已建成使用，為南沙提供了良好的通關便利化基礎設施。此外，南沙還是廣州的深水良港，可通往全國各地乃至歐美各國。
隨著定位為“對接港澳，聯通西江，服務泛珠三角”的綜合航運服務平臺的廣州航運交易所落戶南沙，南沙在產業規劃方面重點發展航運物流業，打造相關產業集群。依托保稅港區，南沙引進了一批港澳航運物流企業，推動建設新型電子商務港園區。近日，南沙港成為全國首批進境糧食指定口岸，而且汽車整車進口大通道也已正式打通。廣州將以南沙港區為依托，規劃建設21世紀海上絲綢之路經濟合作區，鼓勵本土企業走出去，并建設境外工業園，開拓境外投資市場，加強同國外企業合作。此外，南沙還將重點打造南中國頂級游艇會和國際郵輪碼頭等項目，推動濱海旅游業發展。
根據國家“十二五”規劃的內容，廣州南沙打造服務內地、連接港澳的商業服務中心、科技創新中心和教育培訓基地，建設臨港產業配套服務合作區。“粵港澳優質生活圈、新型城市化典范、以生產性服務業為主導的現代產業新高地、具有世界先進水平的綜合服務樞紐和社會管理服務創新試驗區”是《新區發展規劃》賦予南沙的五個功能定位。與前海、橫琴不同，南沙占地面積大，其經濟建設模式對廣東來說真正具有借鑒價值。
機遇總是與挑戰并行。南沙在航運業方面與香港相比，并不具備絕對優勢。香港作為國際航運中心，擁有完善的航空及其他交通網絡可連接全球各地，而且背靠中國華南經濟腹地，輻射內地旅游市場，地理優勢得天獨厚。香港中華總商會榮譽會長霍震寰曾指出“目前不少港商對于是否進駐南沙新區還處于觀望，希望等待更多優惠政策出臺。”港澳服務業發達，而目前南沙新區對于現代服務業的政策還不夠明朗將限制南沙新區港澳業界人士的吸引力。除此之外，人才短缺也是將制約南沙新區未來的發展，南沙新區缺乏對高端人才的吸引力，而市場并不能完全解決人才流動問題。
國家發改委副秘書長范恒山曾指出“南沙新區的競爭力在于錯位發展，只有錯位發展，才能充分發揮自身的比較優勢，實現與周邊區域的優勢互補和共同發展。”因此，建設航運與物流中心，依據自身優勢錯位發展為南沙新區未來發展方向，港口和口岸服務為建設重點。廣州是內地的華南門戶，香港是國際航運中心，兩者之間應通過合作發展實現共贏。南沙新區未來的發展方向并非與香港競爭，而應進一步鞏固香港航運中心的地位，進一步聚合和整合航運相關要素和資源，打造服務內地、連接港澳的產業配套服務合作區，著力打造區域性航運中心。南沙還應著力建設航運相關產業，如設立船舶金融租賃、航運保險等專業性金融機構等。除此之外，南沙新區還應改善人才引入機制，優化軟環境，實現長效可持續發展。（
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